Resumo: O artigo é um relato analítico da trajetória de 20 anos da categoria racionalidade médica, que emergiu no Campo da Saúde Coletiva, área das Ciências Sociais e Humanas em Saúde, no início da década de 1990, com o objetivo de estudar sistemas médicos complexos e terapêuticas tradicionais, complementares e alternativas. Com base em revisão crítica da literatura, apresentam-se aspectos do contexto cultural, político-institucional e social de seu surgimento, como também suas principais contribuições e desdobramentos nos planos teórico e das políticas e práticas sociais em saúde. Utiliza-se o conceito de epistemologia do sul de Boaventura de Sousa Santos, para a reflexão sobre a contribuição da categoria racionalidade médica à crítica da racionalidade científica pós-moderna e à construção de uma nova epistemologia em saúde.